对于食品、药品而言，罪魁祸首当属微生物、细菌等污染物，而食品厂净化车间净化工程设计通过以下三个途径可有效解决根源，达到食品净化的目的。
1.食品厂净化车间中，维持良好的通风效果，食品厂净化车间标准的设计时可一直保持正压状态，这样一来可防止外界非洁净空气的进入。还要对气流进行正确控制，可有效降低车间内空气污染。
2.为了满足产品的生产需要，就要保持车间内洁净度，这就关系到换气次数。食品厂净化车间的换气次数应保证每小时大于15次。
3.通过初、中、高效过滤器对空气进行过滤，可以有效排除悬浮在空气中的尘埃、细菌等有害物质。
要控制车间内的污染就一定要了解这些污染来自哪里，食品厂车间的污染来源：
一、人
据研究，人是洁净室最大的污染源，占90%左右。一般男性每人每分钟向周围排放1000个以上含菌粒子，女性为750个以上，且走动时的发尘量更大一些。因此，在进入食品厂净化车间之前，生产人员要做沐浴清洁、更换洁净工作服、风淋室吹淋等，并且要严格控制生产人员在净化车间的人数及活动。须配备对讲机，以减少人员走动。
二、机械
机械在运行过程中，由于摩擦等作用，也会产生一些微粒。因此，须保证食品厂净化车间内的机械、设备随时出于洁净状态。外部送入车间的设备，应清洁合格，保证不将尘粒带入医疗净化车间。
三、物料
主要包括用于食品、制药车间的加工生产用料、包装盒、等。主要净化方式有两个：一是物料在进入车间之间，须净化并达到相应的洁净度，二是采用不发尘的物料，比如使用无尘纸张。此外，应设置合理的物料运输路线，避免物流的交叉污染。
四、方法
操作方法不当，会使得发尘量增多。车间内的工装必须避免金属间的摩擦，少排列工序，尽量将不需要在车间内完成的工序搬出去;车间内工序须排列合理，不挡回风口，较容易产生尘粒的工序靠近回风口。
五、环境
采用不产尘、不吸尘、易清洁的装饰材料与医疗净化设备。定期清洁车间，定期测试，随时了解食品厂净化车间控制情况，发现问题及时解决。